Le origini del Santuario risalgono alla fine del 1400 quando i pochi monaci di San Calogero, dopo alterne vicende, allestirono alcune stanze per loro sul Kronio, un piccolo ospedale e ritornarono definitivamente vicino alla grotta del Santo. La costruzione dell'attuale Santuario si deve al Vescovo Mariano Manno, il quale concepì l'ardito progetto e vi diede inizio nel 1530.
Il nuovo edificio, innalzato con un concorso di fede e di contribuzioni da parte dei fedeli, sostituì la vecchia chiesina esistente sulla sommità del Kronio, meta degli ammalati e dei pellegrini che salivano sul monte a fare le stufe.
Con il Manno prendeva decisamente sviluppo il culto del Santo, che pure aveva conservato sempre la sua vitalità. La fabbrica della chiesa fu continuata da don Gregorio Gallitano, priore di San calogero per 52 anni (1571-1623) e fu inaugurata nel 1644, essendo priore il canonico Gaspare Blasco.
La Basilica - Santuario è oggi centro di riferimento spirituale nelle grandi circostanze della vita dello spirito: Riconciliazione con Dio, Eucaristia, Battesimi, :Matrimoni, Ricorrenze varie, Adorazione Eucaristica per le Vocazioni ogni Giovedì alle ore 20:30.